Анализ дифференциального метилирования геномов методами непредвзятого скрининга

ВЫВОДЫ.

1. 
   Сочетание классического генноинженерного подхода (амплификации интерметилированных сайтов) и высокоразрешающего способа разделения фрагментов нуклеиновых кислот - капиллярного электрофореза - с математическим моделированием экспериментов позволило разработать современный алгоритм скрининга дифференциального метилирования геномов.
   
2. 
   Рестриктазное картирование, проводимое на основе предварительного математического моделирования, исключает необходимость реамплификации, клонирования и секвенирования индивидуальных продуктов амплификации интерметилированных сайтов в процессе определения их геномной принадлежности.
   
3. 
   Разработанные алгоритм и компьютерная программа AIMS in silico впервые обеспечили возможность моделирования результатов экспериментов амплификации интерметилированных сайтов с использованием баз данных нуклеотидных последовательностей генома человека.
   
4. 
   Проведенная характеристика иерархии продуктов амплификации интерметилированных сайтов и полученные описания количественных и качественных параметров репрезентаций для различных экспериментальных условий позволяют быстро и эффективно осуществлять планирование экспериментов.
   
5. 
   Анализ геномов клеточных линий рака молочной железы ZR-75-1, HBL-100, HS 578 T, BT-474, MCF7 и T-47D выявил 6 дифференциально метилированных геномных локусов, которые ранее не изучались с точки зрения дифференциального метилирования. Среди них - участки CpG-островков, расположенных в первых интронах генов ANK3 и MAFK, в промоторной области гена C2CD2, в межгенных областях на хромосомах 12q13.13 и 13q32.1, а также участок первого экзона гена PURB, не являющийся CpG-островком. Выявление дифференциального метилирования неканонической локализации подтверждает непредвзятость разработанного алгоритма скрининга.
   

СПИСОК ОПУБЛИКОВАННЫХ РАБОТ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ

Статьи, опубликованные в изданиях, рекомендованных ВАК:

1. 
   Стрельников В.В., Танас А.С., Шкарупо В.В., Кузнецова Е.Б., Кекеева Т.В., Завалишина Л.Э., Франк Г.А., Залетаев Д.В. Современный высокотехнологичный метод скрининга дифференциального метилирования геномов на основе амплификации интерметилированных сайтов // Молекулярная медицина, 2009. № 4. С. 18 26
   
2. 
   Залетаев Д.В., Стрельников В.В., Немцова М.В., Бабенко О.В., Кузнецова Е.Б., Землякова В.В., Кекеева Т.В., Михайленко Д.С., Шкарупо В.В., Танас А.С. Маркеры метилирования в диагностике онкологических заболеваний // Медицинская генетика, 2010. Т.9 №1. С. 15 21
   
3. 
   Танас А.С., Шкарупо В.В., Кузнецова Е.Б., Залетаев Д.В., Стрельников В.В. Дизайн эксперимента и анализ результатов амплификации интерметилированных сайтов с использованием компьютерной программы AIMS in silico // Молекулярная биология, 2010. Т.44 № 2. С. 355 365
   
4. 
   Tanas A.S., Shkarupo V.V., Kuznetsova E.B., Zaletayev D.V., Strelnikov V.V. Novel tools for unbiased DNA differential methylation screening // Epigenomics, 2010. Vol. 2. No. 2. P. 325 333
   

Публикации в других изданиях:

5. 
   Танас А.С., Стрельников В.В., Шкарупо В.В., Кузнецова Е.Б., Залетаев Д.В. Современный высокотехнологичный метод диагностики маркеров метилирования в онкологии // Онкогематология, 2008. №4. С. 73 74
   
6. 
   Strelnikov V.V., Tanas A.S., Shkarupo V.V., Kuznetsova E.B., Zaletaev D.V. Unbiased differential methylation screening assay for applications in cancer epigenetic research. 11 European Workshop on Cytogenetics and Molecular Genetics of Solid Tumours // Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology, 2008. P. 59 60
   
7. 
   Shkarupo V.V., Tanas A.S., Kuznetsova E.B., Zavalishina L.E., Frank G.A., Zaletaev D.V., Strelnikov V.V. A semi-automated unbiased differential methylation screening assay for applications in cancer epigenetic research // Eur. J. Hum. Genet., 2008. V.16. Suppl. 2. P. 223
   
8. 
   Шкарупо В.В., Танас А.С., Кузнецова Е.Б., Стрельников В.В.,Залетаев Д.В. Метод анализа структурно-функциональной организации эпигеномов клеток рака молочной железы // Тезисы V Конференции молодых ученых России с международным участием «Фундаментальные науки и прогресс клинической медицины» Москва, 2008. С. 489
   
9. 
   Стрельников В.В., Танас А.С., Шкарупо В.В., Кузнецова Е.Б., Залетаев Д.В. Синтетический непредвзятый метод скрининга дифференциального метилирования геномов опухолевых клеток // V Международная конференция «Молекулярная медицина и биобезопасность», научная программа и тезисы, 2008. С. 94 95
   
10. 
    Танас А.С., Шкарупо В.В., Кузнецова Е.Б., Залетаев Д.В., Стрельников В.В. Программное обеспечение для скринига дифференциального метилирования геномов на основе амплификации интерметилированных сайтов // Медицинская генетика, 2009. Т.8. №12 (90). С. 33
    
11. 
    Tanas A.S., Shkarupo V.V., Kuznetsova E.B., Zaletaev D.V., Strelnikov V.V. Amplification of intermethylated sites, Bioinformatics and Capillary electrophoresis: the ABC of the cancer methylomes // Eur. J. Hum. Genet., 2009. V.17. Suppl.2. P. 284
    
12. 
    Tanas A.S., Shkarupo V.V., Kuznetsova E.B., Zaletayev D.V., Strelnikov V.V. Software for Genomic/Epigenomic Research // Eposters.net – the online journal of scientific posters, 2009. EP10983
    
13. 
    Шкарупо В.В., Танас А.С., Кузнецова Е.Б., Залетаев Д.В., Стрельников В.В. Современные подходы к скринингу дифференциального метилирования геномов клеток рака молочной железы // Медицинская генетика, 2009. Т.8. №12 (90). С. 41
    
14. 
    Стрельников В.В., Танас А.С., Землякова В.В., Залетаев Д.В. Разработка новых методов диагностики маркеров метилирования ДНК в онкологии // Учебник под ред. М.А.Пальцева и Д.В.Залетаева "Системы генетических и эпигенетических маркеров в диагностике онкологических новообразований". М.: ОАО «Идательство «Медицина», 2009. 384 с.: ил. (Учеб. лит. для студ. мед. вузов). ISBN 5-225-03384-9. УДК 606-006.04.07:575. Глава 11. С. 349 384
    
15. 
    Стрельников В.В., Танас А.С., Шкарупо В.В., Кузнецова Е.Б., Залетаев Д.В. Современные высокотехнологичные методы диагностики маркеров метилирования ДНК в онкологии // Пятый московский международный конгресс «Биотехнология: состояние и перспективы развития», 16-20 марта 2009. С. 90 91
    
16. 
    Шкарупо В.В., Танас А.С., Кузнецова Е.Б., Стрельников В.В., Залетаев Д.В. Скрининг дифференциального метилирования геномов клеток рака молочной железы // Материалы VI съезда Российского общества медицинских генетиков, г.Ростов-на-Дону, 14-18 мая 2010. С. 197
    
17. 
    Стрельников В.В., Кузнецова Е.Б., Шкарупо В.В., Танас А.С., Залетаев Д.В. Уроки непредвзятого скрининга дифференциального метилирования ДНК // Материалы VI съезда Российского общества медицинских генетиков, г.Ростов-на-Дону, 14-18 мая 2010. С. 172 173
    
18. 
    Strelnikov V., Tanas A., Shkarupo V., Kuznetsova E., Gorban N., Zaletaev D. Non-microarray DNA differential methylation screening in breast cancer // 12th European Workshop on Cytogenetics and Molecular Genetics of Solid Tumors, Nijmegen, the Netherlands, 3-6 June 2010. P. 104
    
19. 
    Tanas A., Shkarupo V., Kuznetsova E., Zaletaev D., Strelnikov V. AIMS in silico & PeakPick: a software package supporting unbiased screening of DNA differential methylation in cancer // 12th European Workshop on Cytogenetics and Molecular Genetics of Solid Tumors, Nijmegen, the Netherlands, 3-6 June 2010. P. 106
    
20. 
    Танас А.С., Шкарупо В.В., Стрельников В.В. Компьютерная программа AIMS in silico // Рекламно-техническое описание, описание программы, описание применения. Регистрационный номер ВНТИЦ 50201050017. Москва, 2010 г.
    
21. 
    Танас А.С., Руденко В.В., Стрельников В.В. Компьютерная программа PeakPick // Рекламно-техническое описание, описание программы, описание применения. Регистрационный номер ВНТИЦ 50201050040. Москва, 2010 г.
    
22. 
    Руденко В.В., Танас А.С., к.б.н. Стрельников В.В., к.б.н. Кузнецова Е.Б., проф. Залетаев Д.В. Скрининг аномального метилирования ДНК на основе метода амплификации интерметилированных сайтов для диагностики злокачественного опухолевого процесса // Медицинская ДНК-технология, Разрешение ФС № 2011/132 от 27.05.2011г.
    
23. 
    Танас А.С., Руденко В.В., Стрельников В.В., Залетаев Д.В. Алгоритмы и программное обеспечение скрининга эпигенетических нарушений при раке // Шестой московский международный конгресс «Биотехнология: состояние и перспективы развития», 2011. С. 139 140
    
24. 
    Стрельников В.В., Кузнецова Е.Б., Танас А.С. Методы анализа метилирования ДНК // Учебник под ред. М.А.Пальцева и Д.В.Залетаева «Введение в молекулярную диагностику», том 2 «Молекулярно-генетические методы в диагностике наследственных и онкологических заболеваний». М.: ОАО «Издательство «Медицина», 2011. – 506 с.: ил. (Учеб. лит. для студ. мед. вузов). С. 80 99
    
25. 
    Танас А.С., Руденко В.В., Кузнецова Е.Б., Залетаев Д.В., Стрельников В.В. Алгоритмы и программное обеспечение скрининга дифференциального метилирования геномов клеток злокачественных новообразований // III Международная Студенческая Научно-практическая Конференция РУДН, 2011. С. 25 26
    
26. 
    Руденко В.В., Кузнецова Е.Б., Танас А.С., Залетаев Д.В., Стрельников В.В. Скрининга дифференциального метилирования геномов клеток рака молочной железы // III Международная Студенческая Научно-практическая Конференция РУДН, 2011. С. 24 25
    
27. 
    Танас А.С., Руденко В.В., Стрельников В.В. Программа для ЭВМ "AIMS in silico 2". Рекламно-техническое описание, описание применения. Регистрационный номер ВНТИЦ 50201151514, Москва, 2011 г.
    

т.п.н. – тысяча пар нуклеотидов