МЕТОДИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ
по проведению амплификации и анализу результатов при помощи программного обеспечения FRT Manager («ИнтерЛабСервис», Россия)
ОГЛАВЛЕНИЕ
ПРОВЕДЕНИЕ АМПЛИФИКАЦИИ И АНАЛИЗ РЕЗУЛЬТАТОВ ПРИ ПОМОЩИ ПРОГРАММНОГО ОБЕСПЕЧЕНИЯ FRT Manager («ИнтерЛабСервис», Россия) 2
ЗАПУСК ПОСТАНОВКИ НА ПРИБОРЕ ROTOR-GENE 6000/Q 3
ЗАПУСК ПОСТАНОВКИ НА ПРИБОРАХ iCycler iQ5, CFX96, «ДТ-96» 6
ОБРАБОТКА РЕЗУЛЬТАТОВ ПОСТАНОВКИ (для всех моделей приборов) 10
ОБРАБОТКА НЕВАЛИДНЫХ ОБРАЗЦОВ 13
ПЕЧАТЬ БЛАНКОВ РЕЗУЛЬТАТОВ 15
ФУНКЦИЯ «ЭЛЕКТРОННЫЙ ЭКСПЕРТ» 16
ПРОВЕДЕНИЕ АМПЛИФИКАЦИИ И АНАЛИЗ РЕЗУЛЬТАТОВ ПРИ ПОМОЩИ ПРОГРАММНОГО ОБЕСПЕЧЕНИЯ FRT Manager («ИнтерЛабСервис», Россия)
Для работы следует использовать программу FRT Manager версии 2.0 или выше.
Провести этапы пробоподготовки и приготовления реакционных смесей согласно инструкции к набору реагентов.
При использовании ПО FRT Manager программирование амплификатора и анализ результатов, полученных в программном обеспечении амплификатора, происходит автоматически.
ВНИМАНИЕ! Для ознакомления со всеми возможностями ПО FRT Manager рекомендуется прочитать полное руководство пользователя. Данное руководство располагается в меню Помощь вкладки Проведение анализа ПО FRT Manager.
 
ЗАПУСК ПОСТАНОВКИ НА ПРИБОРЕ ROTOR-GENE 6000/Q
Шаг 1.
Нажать кнопку Новая постановка во вкладке Быстрый запуск.
|
 
|
Шаг 2.
Выбрать модель устройства из списка доступных и нажать кнопку Подтвердить.
|
|
Шаг 3.
Указать тип используемого ротора.
|
|
Шаг 4.
Выбрать группу совместимости методик (см. вкладыш для программы FRT Manager к набору реагентов).
|
|
Шаг 5.
Выбрать методику из списка.
Для сортировки списка методик по алфавиту кликнуть мышкой по заголовку Короткое наименование методики.
|
|
Шаг 6.
Ввести номера исследуемых образцов в правой верхней части экрана.
|
|
Шаг 7.
Переместить по одному контрольные образцы в нужной последовательности нажав на них двойным щелчком левой кнопки мыши, либо нажав на двойную стрелку  для одновременного перемещения всех контрольных образцов.
|
|
Шаг 8.
Указать серию используемых реагентов из выпадающего списка или зарегистрировать новую серию нажав кнопку 
|
|
Шаг 9.
При регистрации новой серии регентов ввести параметры, указанные во вкладыше к набору реагентов и нажать кнопку Сохранить.
ВНИМАНИЕ! Если кнопка Сохранить неактивна, то необходимо убедиться, что все поля заполнены и нажать клавишу Enter или переместить курсор в любое соседнее поле столбца Значение, кнопка активируется.
|
|
Шаг 10.
Указать тип используемого биолоческого материала. Для этого выделить образцы, нажать кнопку Вид биоматериала и выбрать используемый в анализе биологический материал из выпадающего списка.
ВНИМАНИЕ! В данном списке выводятся только те типы биологического материала, которые указаны в инструкции к набору реагентов.
|
|
Шаг 11.
Запустить постановку, нажав кнопку Запустить. Прибор начнет выполнение теста.
Для запуска нескольких тестов в одном роторе, начатьзаполнение других методик с шага 5.
|
 
| ЗАПУСК ПОСТАНОВКИ НА ПРИБОРАХ iCycler iQ5, CFX96, «ДТ-96»
Шаг 1.
Нажать кнопку Новая постановка во вкладке Быстрый запуск.
|
|
Шаг 2.
Выбрать модель устройства из списка доступных и нажать кнопку Подтвердить.
|
|
Шаг 3.
Выбрать группу совместимости методик (см. вкладыш для программы FRT Manager к набору реагентов)
|
|
Шаг 4.
Выбрать нужную методику из списка.
Для сортировки списка методик по алфавиту кликнуть мышкой по заголовку Короткое наименование методики
|
|
Шаг 5.
Перед размещением образцов указать порядок заполнения плашки – горизонтально или вертикально.
В случае, если края плашки не используются, то поставить галочку в поле Не заполнять края - крайние лунки не будут заполнены.
|
 
|
Шаг 6.
Ввести номера исследуемых образцов в правой верхней части экрана.
|
|
Шаг 7.
Переместить по одному контрольные образцы в нужной последовательности нажав на них двойным щелчком левой кнопки мыши, либо нажав на двойную стрелку для одновременного перемещения всех контрольных образцов.
|
|
Шаг 7а. В случае если использовалась двойная стрелка для одновременного перемещения всех контрольных образцов и места в строке/столбце недостаточно для их размещения, то программа выдаст предупреждение, что в строке/столбце недостаточно свободных позиций. Нажать кнопку ОК и выделить ячейку в начале строки/столбца для размещения контролей и снова нажать кнопку .
В случае перемещения контрольных образцов по одному (как описано выше), программа сама перейдет в начало следующей строки/столбца.
|
|
Шаг 8.
Указать серию используемых реагентов из выпадающего списка или зарегистрировать новую серию нажав кнопку
|
|
Шаг 9.
При регистрации новой серии регентов ввести параметры, указанные во вкладыше к набору реагентов и нажать кнопку Сохранить.
ВНИМАНИЕ! Если кнопка Сохранить неактивна, то убедиться, что все поля заполнены и нажать клавишу Enter или переместить курсор в любое соседнее поле столбца Значение, кнопка активируется.
|
|
Шаг 10.
Указать тип используемого биолоческого материала. Для этого выделить образцы, нажать кнопку Вид биоматериала и выбрать используемый в анализе биологический материал из выпадающего списка и нажать кнопку Подтвердить.
ВНИМАНИЕ! В данном списке выводятся только те типы биологического материала, которые указаны в инструкции к набору реагентов.
|
 
|
Шаг 11.
Запустить постановку, нажав кнопку Запустить. Прибор начнет выполнение теста.
Для запуска нескольких тестов в одной плашке, начать заполнение других методик с шага 5
|
| ОБРАБОТКА РЕЗУЛЬТАТОВ ПОСТАНОВКИ (для всех моделей приборов)
Шаг 1. После завершения работы прибора постановка открывается автоматически.
Для анализа ранее завершенной постановки во вкладке Быстрый запуск нажать кнопку Завершенные постановки.
|
|
Выбрать постановку для обработки из списка и открыть ее двойным щелчком левой кнопки мыши.
Необработанные постановки имеют статус Данные получены, авторизованные постановки имеют статус Проверена.
По умолчанию отображаются постановки, выполненные за последние 7 дней.
|
|
При необходимости посмотреть постановку за определенный промежуток времени, нажать на кнопку  в столбце Запуск постановки в работу и задать другой временной промежуток.
Для просмотра всей базы постановок снять галочку в поле Фильтр по дате
|
 
|
Шаг 2. Появится окно с результатами постановки. Для просмотра подробных результатов для исследуемых и контрольных образцов перейти во вкладку Подробно.
|
 
|
Шаг 3.
Просмотреть информацию о постановке – использованная методика, серия набора реагентов, статус постановки и комментарии системы
|
|
Шаг 4.
Просмотреть результаты, полученные для исследуемых образцов, прокрутив страницу вниз.
Слева от образца указывается его номер, тип биологического материала и номер позиции в амплификаторе.
Сомнительные или невалидные результаты выделяются красным цветом.
|
 
|
Шаг 5.
Аналогичным образом просмотреть результаты, полученные для контрольных образцов.
|
|
Шаг 6.
Просмотреть значения пороговых циклов - Ct, полученные для исследуемых и контрольных образцов, прокрутив страницу вниз.
|
|
Шаг 7.
Прокрутив страницу вниз, просмотреть кривые накопления флуоресцентного сигнала, переключаясь по вкладкам с названием каналов.
|
 
|
Шаг 8.
При необходимости возможно распечатать два варианта протокола постановки – краткий и подробный.
Шаг 8 а.
Для печати краткого отчета, включающего только результаты, нажать кнопку Печать результатов.
Будет сгенерирован файл в формате .pdf который можно распечатать.
|
 
1
|
Шаг 8 б.
Для печати подробных результатов, во вкладке Подробно нажать значок печати (обозначен на рисунке цифрой 2). Будет распечатана вся информация о постановке.
|
2
|
Шаг 9.
Авторизовать методику, нажав последовательно кнопки Авторизовать методику и Подтвердить. Закрыть постановку.
После подтверждения авторизации станет доступной функция печати бланков результата для постановки.
|
 
|
ВНИМАНИЕ! Перед авторизацией методики рекомендуется внимательно проверить все данные постановки и убедиться в отсутствии ошибок.
ОБРАБОТКА НЕВАЛИДНЫХ ОБРАЗЦОВ
В случае получения некорректных данных для образцов или постановок можно отвергнуть полученные результаты и отправить их на перестановку.
Для того, чтобы отвергнуть результаты по образцу, необходимо выделить образец, нажать кнопку Отвергнуть  во вкладке Результаты.
   
Для отправки образцов на повторный анализ для конкретной методики нажать кнопку Повторный анализ методики  .
Для отправки образцов на повторный анализ из всех методик в постановке нажать кнопку Повторный анализ постановки  .
После нажатия кнопки Повторный анализ методики появляется следующее окно:
Для перестановки невалидных образцов необходимо поставить галочку Повторный анализ отвергнутых и нажать кнопку Подтвердить.
После нажатия кнопки Повторный анализ постановки появляется следующее окно:
Для перестановки невалидных образцов полученных для всех методик в постановке необходимо поставить галочку Повторный анализ отвергнутых и нажать Подтвердить. В случае, если необходимо провести повторный анализ для всей постановки целиком, необходимо поставить галочку Создать постановку с тем же расположением образцов и нажать Подтвердить, будет сформирована готовая для запуска постановка идентичная невалидной во вкладке Готовые к запуску.
 
ПЕЧАТЬ БЛАНКОВ РЕЗУЛЬТАТОВ
Шаг 1
Для печати результатов на бланках перейти во вкладку Быстрый запуск и нажать кнопку Список результатов. В Список результатов попадают только авторизованные (валидные) образцы.
|
|
Шаг 2
В открывшемся окне выбрать постановку, для которой необходимо распечатать бланки ответов.
По умолчанию, отображаются постановки, авторизованные в течение последних 5 дней. При необходимости, можно задать другой временной диапазон в поле Фильтрация результатов
|
 
|
Шаг 3
Возможна печать бланков как для постановок целиком, так и для отдельных пациентов и образцов.
|
|
Шаг 4
Нажать кнопку Печать бланка для печати результатов постановки.
|
|
|
| ФУНКЦИЯ «ЭЛЕКТРОННЫЙ ЭКСПЕРТ»
ВНИМАНИЕ! Начиная с версии 2.0.хх ПО FRT Manager содержит расширенный алгоритм анализа данных флуоресцентных кривых (функция «Электронный эксперт»). Данный алгоритм имеет ряд отличительных особенностей:
Отсутствие пороговой линии.
Расширенный алгоритм анализа данных флуоресцентных кривых ПО FRT Manager производит расчет пороговых циклов (Ct) для образцов автоматически, без применения пороговой линии. Расчет производится математическим способом на основании анализа кинетических параметров флуоресцентных кривых, что позволяет увеличить точность определения Ct. С использованием данного алгоритма нет необходимости в поиске и выставлении корректного уровня для пороговой линии, что значительно упрощает расчет результатов.
ВНИМАНИЕ! Значения пороговых циклов Ct, определенные с помощью расширенного алгоритма анализа ПО FRT Manager и стандартного программного обеспечения амплификаторов могут отличаться. Тем не менее, отличия незначительны и не приводят к получению дискордантных результатов.
Результаты для образцов оцениваются как:
Тип кривой
|
Результат
|
|
«Положительный»
|
|
«Отрицательный»
|
|
«Сомнительно положительный»
|
|
«Сомнительно отрицательный»
|
Появляется два дополнительных статуса для флуоресцентных кривых - «Сомнительно положительный» и «Сомнительно отрицательный».
«Сомнительно положительный» - данный статус означает, что система считает образец положительным, но необходима дополнительная экспертная оценка образца со стороны пользователя (подтверждение или изменение статуса образца на «отрицательный»).
«Сомнительно отрицательный» - данный статус означает, что система считает образец отрицательным, но необходима дополнительная экспертная оценка образца со стороны пользователя (подтверждение или изменение статуса образца на «положительный»).
Если для образцов обнаружены флуоресцентные кривые с сомнительным статусом, такие образцы помечаются кругом жёлтого цвета во вкладке Результаты.
При двойном нажатии левой кнопкой мыши на образце с сомнительным статусом, откроется окно просмотра флуоресцентных кривых для данного образца по всем каналам.
 
Рекомендуется просматривать флуоресцентные кривые как в индивидуальном масштабе (по умолчанию), так и в общем масштабе по каналам относительно положительной флуоресцентной кривой с максимальным разгоранием (необходимо отметить галочкой в левом нижнем углу окна Общий масштаб по каналам). Режим общего масштаба по каналам позволяет сравнить разгорание сомнительной кривой с разгоранием истинно положительных образцов.
В данном окне можно поменять статус сомнительного образца, для этого необходимо нажать правой кнопкой мыши на пунктирной кривой и выбрать наиболее подходящий статус. После изменения статуса для образца, он помечается кругом синего цвета.
Возможен автоматический выбора статуса для всех сомнительных кривых, для этого во вкладках флуоресцентных каналов необходимо нажать кнопку Принять сомнительные.
 
После автоматического или ручного выбор статуса для всех сомнительных кривых необходимо нажать кнопку Пересчитать  для применения внесенных изменений.
ВНИМАНИЕ! Рекомендуется проводить повторный анализ для всех сомнительных результатов. Изменение статуса сомнительных кривых на положительный и отрицательный может проводиться только опытными пользователями с полным осознанием ответственности за принимаемый результат.
Единичные «Сомнительно положительные» и «Сомнительно отрицательные» результаты в постановке считаются нормой. Наличие сомнительных флуоресцентных кривых лишь означает, что необходимо обратить внимание на данные образцы и проконтролировать выбор системы.
ВНИМАНИЕ! В случае если флуоресцентные кривые с сомнительным статусом составляют большую часть постановки, это может говорить о наличии проблем с используемым оборудованием или набором реагентов, рекомендуется обратиться к производителю набора реагентов для консультации.
|
